Конфликт парламента и армии: вторая гражданская война
Все это время Кромвель сохранял за собой место в парламенте и появлялся там, как только представлялась возможность. В 1644 он сыграл ключевую роль в принятии Билля о самоотречении, в соответствии с которым члены парламента, занимавшие командные посты в армии, должны были уйти с них, с тем чтобы в армию могла влиться новая кровь. Это открывало дорогу для назначения главнокомандующим аполитичного Томаса Ферфакса. Кромвель был готов сложить свои командирские полномочия, однако, уступив настояниям Ферфакса, остался, чтобы принять участие в битве при Нейзби. Кромвель не преуменьшал свои дарования, но на протяжении всей жизни приписывал победы Вседержителю. Именно свойственная Кромвелю в высшей степени самостоятельная, глубоко личная пуританская вера побудила его поднять оружие против короля и вдохновляла в битвах. Когда заключался союз с шотландцами, по которому в обмен на помощь в борьбе с роялистами пресвитерианство распространялось на всю Англию, Кромвель оговорил гарантии свободы вероисповедания себе самому и своим друзьям-индепендентам. Но на первых порах он предоставил право определять будущую форму государственного устройства гражданским руководителям парламента, в большинстве своем пресвитерианам.
Однако обнаружилось, что палата общин (покинутая сторонниками короля еще в начале войны) и жалкие остатки палаты лордов стремятся навязать жесткую пресвитерианскую структуру всей Англиканской церкви и распустить по домам солдат Ферфакса, в большинстве своем индепендентов, не выплатив им сколько-нибудь удовлетворительного вознаграждения за службу. Поначалу Кромвель, как член парламента и человек, пользовавшийся огромным авторитетом в армии, пытался выступить в роли посредника между парламентом и солдатами, но в конечном счете был вынужден сделать выбор, связав свою дальнейшую судьбу с армией. Он приложил немалые усилия к тому, чтобы достичь соглашения с королем, которого шотландцы передали как пленника парламенту в феврале 1647, прежде чем их войска покинули Англию. Кромвель не возражал против объявления пресвитерианской церкви государственной церковью, однако настаивал на том, чтобы вне ее было позволено существовать пуританским сектам (индепендентам) . Ведя от лица армии переговоры с парламентом и королем относительно послевоенного устройства, Кромвель неизменно проявлял неуступчивость в этом вопросе. В то же время он действовал в качестве посредника внутри самой армии, пытаясь убедить радикалов, желавших ввести демократическую республику, что для столь революционных преобразований еще не настало время. Его собственная программа подразумевала установление конституционной монархии с парламентом, выражающим интересы средних слоев, и церковью, проявляющей терпимость к другим вероисповеданиям.
